La vita a Bikini Bottom non poteva andare meglio per SpongeBob (Tom Kenny), l'eterno ottimista, e i suoi amici: Patrick Stella (Bill Fagerbakke) la stella marina, il sardonico Squiddy Tentacolo (Rodger Bumpass), Sandy (Carolyn Lawrence) la scienziata scoiattolo e il crostaceo capitalista Mr. Krabs (Clancy Brown). Quando però la ricetta segretissima dell'hamburger Krabby Patty viene rubata, i due eterni avversari SpongeBob e Plankton (Mr. Lawrence) dovranno unire le loro forze in un viaggio attraverso il tempo e lo spazio e sfruttare i superpoteri che albergano in loro, per dare battaglia al diabolico pirata Barba Burger (Antonio Banderas) e frustrare i suoi piani per quelle deliziose prelibatezze.