Mille anni dopo che la Terra è stata devastata da innumerevoli cataclismi e che l'umanità ha dovuto abbandonare il pianeta, Nova Prime è diventata la nuova patria del genere umano. Dopo essere stato lontano dalla sua famiglia per molto tempo a causa di una lunga missione, il generale Cypher Raige è finalmente pronto a far da genitore al figlio tredicenne Kitai. Un giorno un asteroide danneggia gravemente l'astronave su cui si trovano Cypher e Kitai, e precipitano sul pianeta Terra. Mentre suo padre giace tra la vita e la morte all'interno della navicella, il giovane Kitai dovrà attraversare il territorio minaccioso e sconosciuto del pianeta per recuperare il loro dispositivo di segnalazione d'emergenza.